La salmonellose non typhique

Présentation générale de la salmonellose

Agents pathogènes

Entérobactéries du genre Salmonella (2 espèces : enterica, bongori ; plus de 2600 sérovars).

Quelques caractéristiques de Salmonella :

• Réservoir principalement animal, domestique et sauvage : tube digestif des mammifères (notamment porcs, bovins, chiens, chats, rongeurs), des oiseaux (notamment volailles domestiques) et les animaux aquatiques (mollusques, poissons), y compris les nouveaux animaux de compagnie (reptiles, tortues, iguanes).
• Émission de Salmonella dans l'environnement par les animaux infectés (contamination des pâturages, des sols et de l'eau).
• Compte tenu de la diversité des réservoirs, tous les aliments sont susceptibles de présenter cette contamination.

Transmission à l'Homme

Ingestion d’aliments contaminés crus ou peu cuits ; la part de la transmission par voie alimentaire est estimée à 95 % pour les salmonelloses non-typhiques. Compte-tenu de la diversité des réservoirs, et de la dispersion des salmonelloses, tous les aliments sont susceptibles de présenter une contamination.
Transmission directe par contact et manipulation d'animaux asymptomatiques porteurs de la bactérie, notamment les nouveaux animaux de compagnie (ex : reptiles): en portant à la bouche des mains souillées par des déjections animales.
Transmission directe manuportée d'une personne contaminée à une autre personne (notamment chez les jeunes enfants et nourrissons).

Maladie

• Chez l'animal

La maladie est généralement asymptomatique. Dans de rares cas, une infection à Salmonella peut conduire à des diarrhées sévères pouvant entraîner fièvre, abattement, avortements (porcs, ruminants), voire la mort pour les plus jeunes individus (volailles, porcs, ruminants).
L'expression de la maladie chez les animaux peut être, dans de rares cas, associée à certains sérotypes spécifiques (ou très majoritairement isolés) d'une filière animale : par exemple Salmonella Abortusequi chez les chevaux, S. Gallinarum-Pullorum chez les volailles, S. Choleraesuis chez les porcs, S. Dublin chez les bovins ou encore S. Abortusovis chez les ovins.

• Chez l'Homme

Symptômes : ils peuvent apparaître un à trois jours après la contamination et se traduisent par une gastro-entérite aiguë fébrile (pouvant entraîner une déshydratation) ; évolution favorable spontanée en quelques jours (2 à 7 jours) dans la majorité des cas.
Trois sérovars constituent près de 70% des souches isolées chez l'Homme : Typhimurium, son variant monophasique 1,4,[5],12:i:- et Enteritidis.

En savoir plus sur la Salmonella et les salmonelloses :

• Fiche "Les Salmonelles", ministère en charge de l'Agriculture ;
• Fiche "Salmonelloses", ministère de l'Agriculture /Mutualité sociale agricole/Institut national de recherche et de sécurité pour la prévention des accidents du travail et des maladies professionnelles ;
• Cas publiés de salmonelloses chez les jeunes enfants secondaires à une exposition aux reptiles : revue bibliographique 1993-2013, Bulletin Epidémiologique hebdomadaire hors-série n°1-2 du 7 janvier 2014 ;
• Surveillance des salmonelles isolées de la chaîne alimentaire en France", Bull. Epid. Santé Anim. Alim., Anses/DGAL n°50 ;
• Fiche de danger "Salmonella spp", Agence Nationale de Sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail ;
• Aide-mémoire "Salmonelloses non typhiques", Santé publique France ;
• Fiche "Salmonellose", Institut Pasteur ;
• Dossier "Salmonellose", Autorité européenne de sécurité des aliments ;
• Chapitre "Salmonella non typhiques", Organisation mondiale de la Santé.

Acteurs et modalités de la surveillance de la salmonellose en France

La directive 2003/99/CE oblige les États membres à disposer de dispositifs de surveillance sur un certain nombre de zoonoses, de manière obligatoire (annexe I.A) ou selon la situation épidémiologique (annexe I.B). Ces données sont compilées annuellement au niveau européen par l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). La Salmonella appartient à l’annexe I.A.
Une stratégie de lutte et de surveillance des salmonelles dans les filières animales et dans les aliments, mais aussi de l'antibiorésistance, s’appuie sur deux systèmes principaux : les contrôles officiels mis en oeuvre par les pouvoirs publics et les autocontrôles effectués par les opérateurs de la chaîne alimentaire.

Surveillance chez l'animal

• Contrôles officiels

En production primaire, seule la filière avicole (reproducteurs, poules pondeuses, poulets de chair et dindes) fait l'objet d'un programme de lutte obligatoire au niveau européen. En France, les sérovars considérés comme dangers sanitaires de première catégorie dans cette filière sont Enteritidis, Typhimurium et variants monophasiques, Hadar, Infantis, Virchow et Kentucky (arrêté du 29 juillet 2013 modifié).
Les activités de surveillance officielle des salmonelles en alimentation animale sont sous la responsabilité partagée de la direction générale de l’Alimentation (DGAL) et la direction générale de la Concurrence, de la Consommation et de la Répression des fraudes (DGCCRF) (arrêté du 23/04/2007).

Autocontrôles effectués par les opérateurs de la chaîne alimentaire
Des autocontrôles microbiologiques et de biosécurité sont prévus dans le cadre des programmes de lutte en filière avicole. Dans les autres filières, il s'agit d'une démarche volontaire des éleveurs.
La maîtrise de cette contamination se fait surtout par le biais de pratiques de biosécurité (notamment respecter les mesures d’hygiène des locaux et du matériel afin de diminuer les risques de propagation de l’agent pathogène s'il est présent dans l’élevage et d'éviter toute introduction de l’agent pathogène dans l’élevage).

• Surveillance épidémiologique

Des dispositifs de surveillance événementielle complètent le dispositif officiel. Ils sont animés par l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) et reposent sur un réseau de laboratoires volontaires. Ces réseaux poursuivent divers objectifs : la détection d’émergence de Salmonella notamment dans les filières non couvertes par la réglementation, le suivi de l'antibiorésistance et la surveillance des pathologies animales.

• Réseau Salmonella : surveillance épidémiologique des salmonelles isolées sur la chaîne agroalimentaire dans différents contextes (autocontrôles, plans de surveillance et de contrôle, investigations…) grâce à un réseau de 130 laboratoires d'analyses privés et publics.
• Réseau de surveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes d'origine animale (RESAPATH) : surveillance épidémiologique de la résistance aux antibiotiques des bactéries isolées chez l'animal.
• Réseau national d'observations épidémiologiques en aviculture pathologie aviaire (RNOEA) : surveillance épidémiologique des maladies rencontrées dans les élevages de volailles.

En savoir plus :

• Le réseau Salmonella, Bull. Epid. Santé Anim. Alim. Anses/DGAL n°77 ;
• Bilan d’exécution du programme de lutte contre Salmonella, Bull. Epid. Santé Anim. Alim., Anses/DGAL n°71 ;
• Le Réseau National d'Observations Epidémiologiques en Aviculture Pathologie aviaire", Bull. Epid. Santé Anim. Alim. Anses/DGAL n°24 ;
• Le RESAPATH" Bull. Epid. Santé Anim. Alim. Anses/DGAL n°34 ;
• Bilan Réseau d'épidémiosurveillance de l'antibiorésistance des bactéries pathogènes d'origine animale en 2015, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail ;
• Rubrique Epidémiosurveillance, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail ;
• Zoonoses et animaux d'élevage", Civ. Viande science et société.

Surveillance et contrôle dans les denrées alimentaires

• Contrôles officiels

Poursuivant l’objectif de garantir la sécurité des aliments conformément au règlement (CE) n°178/2002, la direction générale de l’Alimentation (DGAL) et la direction générale de la Concurrence, de la Consommation et de la Répression des fraudes (DGCCRF) mettent en place annuellement des plans de surveillance et de contrôle des aliments (PS/PC) ; des contrôles officiels sont effectués également dans les aliments ou dans l'environnement dans le cadre du suivi des établissements ou d’alertes, en cas d'investigation de cas humains groupés et des contrôles aux postes d'inspection aux frontières de l'Union européenne.
Les contrôles officiels sont effectués par des agents des directions départementales en charge de la protection des populations (DDecPP).
Les analyses sont effectuées par un réseau de laboratoires agréés par l’État. Ce réseau est animé par le Laboratoire national de référence (LNR).
Le règlement (UE) n°218/2014 précise les modalités de vérification, par les services officiels, de l'application du critère d'hygiène des procédés concernant les Salmonella isolées des carcasses de porc à l'abattoir. Depuis 2015, les autorités françaises ont choisi de vérifier l'application de ce critère en collectant des autocontrôles réalisés au sein des abattoirs, en collaboration avec l'institut du porc.

• Autocontrôles effectués par les opérateurs de la chaîne alimentaire

Pour les exploitants agroalimentaires, la surveillance se fonde sur l'analyse des risques de chaque entreprise, conformément au règlement (CE) n°852/2004 et au respect des critères microbiologiques du règlement (CE) n°2073/2005 pour les denrées alimentaires.
La surveillance des Salmonella est à intégrer dans les plans de maîtrise sanitaire des entreprises et génère des mesures de gestion (retrait/rappel, mesures correctives) en cas de non-conformité.

• Surveillance épidémiologique

Les prélèvements alimentaires sont analysés dans des laboratoires publics ou privés d’analyses vétérinaires et agroalimentaires. Les isolats de Salmonella peuvent être ensuite envoyés, sur la base du volontariat, au Réseau Salmonella (cf. supra).

En savoir plus :

• Le réseau Salmonella, Bull. Epid. Santé Anim. Alim. Anses/DGAL n°77 ;
• Surveillance de la contamination des carcasses de porcs par Salmonella via le bilan des autocontrôles réalisés à l’abattoir, Bull. Epid. Santé Anim. Alim. Anses/DGAL n°77 ;
• Surveillance programmée de la contamination par Salmonella spp. des viandes fraîches de volaille au stade de l’abattoir et de la résistance aux antibiotiques des souches isolées en 2014, Bull. Epid. Santé Anim. Alim., Anses/DGAL n°77 ;
• Surveillance des salmonelles isolées de la chaîne alimentaire en France, Bull. Epid. Santé Anim. Alim., Anses/DGAL n°50 ;
• Evaluation de la contamination des saucissons secs de porc par Salmonella spp. au stade de la production, Bull. Epid. Santé Anim. Alim., Anses/DGAL n°65 ;
• Détection d'évènements inhabituels dans la surveillance nationale des salmonelles isolées de la chaîne agro-alimentaire, Bull. Epid. Santé Anim. Alim., Anses/DGAL n°42.

Surveillance chez l'Homme

En France, la salmonellose à Salmonella non typhique, n'est pas une maladie à déclaration obligatoire. En revanche dans l'hypothèse de cas groupés dont on peut rapporter la cause à une même origine alimentaire, il existe une déclaration obligatoire de toxi-infection alimentaire collective. Le recensement des déclarations obligatoires est effectué par Santé publique France.
En France, le nombre de cas annuels de salmonelloses d'origine alimentaire est estimé à près de 187 000 (Estimation de la morbidité des infections d’origine alimentaire en France).
La surveillance des salmonelloses humaines est effectuée par le Centre national de référence des Salmonella (CNR) : collecte de données en temps réel des souches isolées de malades et de résultats de sérotypage, grâce à un réseau stable de 66% de laboratoires hospitaliers et privés volontaires de France métropolitaine et ultramarins ; les objectifs de la surveillance sont multiples :

• Décrire les caractéristiques épidémiologiques et suivre les évolutions spatiotemporellesdes infections à Salmonella survenant chez l’Homme ;
• Surveiller la résistance aux antibiotiques clés pour le traitement des salmonelloses ;
• Détecter les cas groupés d’infections.

Cette surveillance permet de détecter tout phénomène anormal, d'évaluer les tendances historiques de l'épidémiologie des salmonelles et l'impact pour la santé publique des mesures sanitaires prises en amont de la chaîne alimentaire.
Santé publique France assure le suivi épidémiologique et le recueil des caractéristiques cliniques des malades à travers la déclaration obligatoire et la réalisation d’une enquête alimentaire en lien avec les cellules d'intervention en région placées auprès des agences régionales de santé.
Santé publique France transmet annuellement les données de surveillance humaine au Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

En savoir plus :

• Données épidémiologiques humaines "relatives aux toxi-infections alimentaires collectives déclarées en France", Santé publique France ;
• Dispositif de surveillance des salmonelloses non typhiques", Santé publique France ;
• Salmonelloses en France, 2002-2010 : tendances en épidémiologie humaine, émergence de la souche monophasique, principaux aliments impliqués dans les dernières épidémies", Bulletin Epidémiologique hebdomadaire hors-série, 9 mai 2012 ;
• Rapport annuels du Centre national de référence des "Salmonella", Institut Pasteur ;
• Estimation de la morbidité des infections d'origine alimentaire en France, thèse de doctorat de l'Université Paris-Saclay, 2016.

Principales recommandations pour la prévention de la salmonellose

Exigences pour les acteurs de la chaîne alimentaire

La prévention de la contamination des aliments repose sur la combinaison de mesures de maîtrise à tous les stades de la chaîne alimentaire.

Producteurs primaires

• Vérifier la qualité sanitaire de l'alimentation animale et de l'eau d'abreuvement ;
• Protéger les champs de la contamination par les excréments animaux ;
• Utiliser des déchets fécaux traités ;
• Evaluer et gérer les risques associés à l'eau d'irrigation.
  

Exploitants du secteur alimentaire

• Respecter les bonnes pratiques d'hygiène ;
• Identifier les points critiques (Principes HACCP) ;
• Assurer la formation des employés ;
• Séparer les circuits de traitement des aliments crus des aliments cuits ;
• Maîtriser les températures aux étapes de transformation, de stockage et de distribution (cuire suffisamment les aliments ; maintenir les aliments à bonne température) ;
• Mettre en place un plan de surveillance pour vérifier la maîtrise sanitaire du procédéde fabrication ;
• Identifier toute personne souffrant de diarrhée ou de vomissement qui doit s’abstenir de manipuler des denrées alimentaires. Si les symptômes apparaissent et que l’individu manipule de la nourriture pour le public, il est nécessaire de contacter les services de médecine du travail.

En savoir plus :

• Recommandations des filières professionnelles au travers de leur guide de bonnes pratiques d'hygiène ;
• Prévention des salmonelloses non typhiques, Santé publique France ;

Recommandations aux consommateurs

• Se laver les mains avant de préparer un repas ainsi qu’après avoir été en contact avec des animaux ou avec une personne atteinte de diarrhée ;
• Respecter les bonnes pratiques d'hygiène en cuisine, notamment se laver les mains et laver les ustensiles de manière régulière pour éviter les contaminations croisées ;
• Vérifier régulièrement que la température du réfrigérateur est correcte et le nettoyer régulièrement ;
• Les préparations à base d’oeufs sans cuisson (mayonnaise, crèmes, mousse au chocolat, pâtisseries, etc.) doivent être préparées le plus près possible du moment de la consommation, maintenues au froid et consommées dans les 24 heures ; faire cuire suffisamment les aliments, en particulier les viandes ; laver soigneusement les fruits et légumes avec de l’eau potable avant de les consommer ;
• Eviter la consommation de produits au lait cru pour les enfants et pour les personnes fragilisées ;
• Respecter les recommandations de conservation prescrites sur l'étiquetage notamment la date limite de consommation ;
• Déclarer les cas de toxi-infections alimentaires collectives auprès de son médecin.

En savoir plus :

• Le recueil de recommandations de bonnes pratiques d'hygiènes à destination des consommateurs ;
• Fiche "Hygiène domestique", Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail ;
• Fiche de recommandations relatives aux amphibies et aux reptiles, Centre européen pour la prévention et le contrôle des maladies ;
• Guide à l'usage des voyageurs sur la sécurité sanitaire des aliments, Organisation mondiale de la Santé ;
• Cinq clefs pour des aliments plus sûrs", Organisation mondiale de la Santé.

Recommandations aux médecins

• Diffuser des recommandations générales de bonnes pratiques d'hygiène alimentaire ;
• Déclarer systématiquement les cas de toxi-infections alimentaires collectives.