Xylella : la surveillance du territoire français

Organisation des laboratoires français

Les analyses officielles sont confiées à des laboratoires agréés (LDA) par le ministère chargé de l'Agriculture pour les analyses de première intention (détection de la bactérie sur matrice végétale). En tant que laboratoire national de référence (LNR), le Laboratoire de la Santé des Végétaux (LSV) de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) supervise ce réseau de laboratoires et réalise les analyses de confirmation et d’identification des sous-espèces.

De plus, de par son mandat de LNR attribué par le ministère chargé de l’Agriculture, le LSV a pour mission la caractérisation, l’évaluation et la validation de méthodes de détection et d’identification afin de proposer des protocoles d’analyses fiables et validés pour l’usage attendu, en particulier pour la mise en place des plans de surveillance et de contrôles officiels.

Les analyses officielles sont mises en œuvre conformément à la norme européenne PM7/24 relative aux méthodes de diagnostic de Xylella fastidiosa.

Le Plan de surveillance Xylella fastidiosa

La surveillance du territoire vis-à-vis de Xylella revêt diverses formes : surveillance des foyers, surveillance à l’import, à l’export, autocontrôles (surveillance dite « évènementielle »), surveillance dans le cadre de la délivrance du Passeport Phytosanitaire (PP) ou encore vis-à-vis d’organismes réglementés ou émergents (SORE).
Elle s’appuie aussi sur les réseaux d'épidémiosurveillance (Ecophyto) et de surveillance des forêts (DSF). Son objectif est de vérifier le caractère sain des végétaux produits et échangés sur le territoire vis-à-vis de Xylella fastidiosa et d’identifier, le cas échéant, des infections précoces.

Afin d’évaluer le dispositif de surveillance de Xylella en France par l’identification de ses faiblesses et la formulation de recommandations, une équipe d’audit a été mise en place en juin 2020.
Cette équipe réunit des membres de la DGAL ainsi que des membres de l’Anses (unité Epidémiologie et Appui à la Surveillance). À partir d’une méthode standardisée développée par l’Anses (« méthode OASIS ») et basée sur une série d’entretiens avec une sélection d'acteurs de la surveillance, cette évaluation doit permettre d’évaluer toutes les composantes de la surveillance et de proposer des recommandations pour son amélioration.
Les résultats doivent aussi appuyer le groupe de travail Xylella de la plateforme d'épidémiosurveillance dans la mise à jour du plan de surveillance national, rendue nécessaire par les évolutions réglementaires.

Bilan de la surveillance en 2019

Au 31 décembre 2019, près de 47 500 échantillons ont été prélevés et analysés sur le territoire national, dont 2,8% de positifs. Aucune infection n'a encore jamais été découverte en zone cultivée (vergers, pépinière, etc.).

La surveillance en 2019 a conduit à la découverte de nouvelles contaminations situées dans ou à proximité des zones délimitées établies en Corse et en PACA. À cette période, près de 14 000 inspections ont été réalisées sur l'ensemble du territoire indemne (hors zones délimitées), dont 8 000 inspections en vignobles et 2 600 en pépinières.

En PACA, la bactérie est essentiellement présente en milieu urbain, dans 24 communes des départements du Var et des Alpes-Maritimes. En 2019, 5 981 prélèvements ont été effectués dans l'ensemble de la région, parmi lesquels 96 ont été trouvés contaminés (1,6%). Dans le cadre spécifique de la surveillance des zones tampons, 26 200 inspections et 696 prélèvements ont été réalisés, conduisant à la détection de 79 plants contaminés. Dans les zones infectées, ce sont 3 777 prélèvements qui ont été analysés en 2019 dont 10 échantillons contaminés. À l'été 2019, pour la première fois en France, deux oliviers contaminés ont été identifiés dans le cadre de la surveillance des foyers d'Antibes et Menton. Ils ont été arrachés et des mesures de surveillance et de lutte sont mises en œuvre dans ces foyers.

En Corse, les infections sont détectées aussi bien dans le milieu urbain que le milieu naturel et semi-naturel. En 2019, 941 échantillons ont été prélevés en 2019, dont 43 échantillons qui se sont avérés contaminés (4,6%). La surveillance du territoire a été renforcée au niveau des ports : 942 inspections ont été réalisées au départ de Corse soit 2 819 bateaux contrôlés. Par ailleurs, 923 inspections ont été conduites dans le reste du territoire, essentiellement dans les pépinières, zones agricoles, JEVI, jardins de particuliers et milieux naturels.

Par ailleurs, en 2019, Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa ST1 a été signalée pour la première fois dans des vergers d'amandiers en Israël (dans le nord du pays), avec 3 à 6% de plantes symptomatiques. La source de l'infection est inconnue car seules des variétés locales sont cultivées. Néanmoins, l'impact pour la filière est considéré comme faible, aucun dépérissement n'a été constaté.

Analyse des données avec la plateforme d’épidémiosurveillance

La plate-forme d’épidémiosurveillance en santé végétale a pour objectif d’apporter un appui méthodologique aux gestionnaires de dispositifs de surveillance.
Dans ce cadre, un groupe de travail spécifique à Xylella fastidiosa a été créé. Il associe l’ensemble des acteurs impliqués dans la surveillance de Xylella fastidiosa (professionnels, scientifiques et administration), pour apporter un appui au gestionnaire de risque (ministère de l'Agriculture et de l’Alimentation / DGAL) pour optimiser la surveillance dans le respect des standards méthodologiques. Ce groupe est chargé plus précisément d’évaluer le fonctionnement de la surveillance et la situation sanitaire vis-à-vis de Xylella, d’apporter un retour d’information aux acteurs locaux, et d’identifier les perspectives d’amélioration de la surveillance, en particulier par la recherche de synergies entre les dispositifs de surveillance déjà en place.
Ce groupe de travail a notamment aidé à la création d’une application de valorisation des données nationales de surveillance de Xylella fastidiosa. Ces données regroupent le bilan des prélèvements et des analyses réalisées, la liste des communes en zones délimitées, les cartes des zones infectées et leurs principales caractéristiques, les cartes d’occurrence des prélèvements, ainsi qu’un module d’évaluation de la qualité des données. L’analyse de ces données en continu permet d’alimenter l’analyse de risque pour cibler au mieux les actions de surveillance.

Plus d'informations sur la page dédiée de la Plateforme ESV.

Articulation entre surveillance et recherche

En complément, des travaux de recherche concourent à améliorer le dispositif de surveillance de Xylella en France. C’est le cas par exemple des travaux menés par Candy Abboud, doctorante à INRAE ayant soutenu sa thèse à Aix-Marseille Université fin 2019. Ses travaux portent sur la représentation spatio-temporelle et l’estimation de la propagation du pathogène. Ils ont été récompensés en septembre 2020 par l’Académie d’Agriculture de France (Médaille d’Argent Dufrenoy) et la Société Nationale d’Horticulture de France. En exploitant les données françaises de surveillance officielle de la bactérie, Candy Abboud a rétrospectivement décrit la dynamique d’invasion du pathogène en Corse du Sud, et proposé des estimations de quantités telles que sa date d’émergence, sa vitesse de propagation et sa distribution future. Les travaux de Candy Abboud illustrent comment l’accès aux données de surveillance officielle à des fins de recherche permet, en parallèle de la gestion sanitaire d’organismes de quarantaine tels que Xylella fastidiosa, de faire avancer le front des connaissances sur ces mêmes organismes. Pour favoriser cet emploi double et simultané des données de surveillance, la plateforme d’épidémiosurveillance en santé végétale travaille actuellement à la mise en place d’un dispositif d’accès à ces données à des fins de recherche.